二度に渡るパズルバトルを制したカイト達は進級。
かねてよりの懸案であった真方ジンの記憶を取り戻すため、懐かしいイギリスの地にやってきた。
同行するルークやノノハと幼い頃に遊んだ教会地下の巨大パズルを探訪していた所に謎の美少女が現れ、ジンに飛びついた。
ジンは彼女の名を「レイツェル…」と呼ぶ。
ジンを連れ去ったレイツェルを追った3人はグリフォンの部屋へ導かれ、苦戦しつつも「パズルを解放しなければ死」という危機から辛うじて脱出。
レイツェルはその後「マスターブレイン」の存在を明かし、ジンを手元に置こうとするが、結局「ジンは一時預けるわ」と姿を消した。
その頃、√学園に現れた「エニグマ」と名乗った謎の男は「全てのパズラーと“ファイ・ブレインの子供たち”を殲滅する」と居残り組のギャモンやアナたち、そしてバロンに宣言する。
「それは真方ジンとの盟約だ」と語るエニグマは「ファイ・ブレインの子供」であるギャモンたちに自らが率いる「マスターブレイン」第1の刺客を差し向けて去った。